امکان کشف گونه‌های جدید کرونا با آنالیز فاضلاب
نتایج یک مطالعه جدید نشان می دهد که با روش توالی یابی ژنوم ویروسی فاضلاب، میتوان گونه های جدید کووید- 19 را پیش از این که توسط سایر روش های غربالگری بالینی تشخیص داده شوند، شناسایی کرد.
به گزارش خبرگزاری یونایتدپرس، محققان در انگلیس بطور منظم دی ان ای(DNA) صدها نمونه کووید- ۱۹را به صورت هفتگی توالی یابی می کنند. از زمان تشکیل «کنسرسیوم ژنومیک کووید- ۱۹انگلیس» در هفته های ابتدایی این همه گیری، سابقه ژنتیکی بیش از ۱۵۰هزار نمونه ویروسی در این پروژه ردیابی شده است.
این درحالی است که در کشورهای دیگر جهان، تلاش برای نظارت بر ژنوم محدود است. به عنوان مثال در آمریکا، بیمارستان ها، بخش های بهداشتی و آزمایشگاه ها در حال آزمایش و معالجه بیماران هستند و در عین حال یک تلاش بی سابقه را برای واکسیناسیون تسهیل می کنند.
ظهور گونه ای از ویروس کرونا(corona) که به اعتقاد محققان از گونه های دیگر این ویروس مسری تر است، مقامات بهداشتی را به سمت کشف روش های جدید برای ردیابی گسترش جهش های مهم ویروسی سوق داده است.
اکنون محققان دانشگاه «کالیفرنیا- برکلی» روشی جدید برای جداسازی گونه های منحصر به فرد ویروسی در میان میلیون ها میکروب دیگر ابداع کرده اند. «کارا نلسون» استاد مسایل مدنی و زیست محیطی در برکلی و محقق ارشد این مطالعه، در یک خبرنامه نوشت:روشی که برای پردازش اطلاعات توالی یابی نیاز داریم پیچیده است. یکی از نکات برجسته این مقاله، توانایی تهیه نمونه برای توالی یابی از فاضلاب است.
او ادامه داد: در این روش به جای توالی یابی مستقیم همه چیزهای موجود، از یک روش غنی سازی استفاده می کنیم که ابتداRNA موردنظر را غنی می کند. سپس یک رویکرد جدید آنالیز بیوانفورماتیک را ابداع کردیم که به اندازه کافی برای تشخیص یک اختلاف منفرد نوکلئوتیدی حساس است.
محققان در این مطالعه ژنوم های جهش های مختلف کووید- ۱۹ را در فاضلاب شهر سن فرانسیسکو توالی یابی کردند. نتایج این تجزیه و تحلیل ها سطوحی از رایج ترین گونه های کووید- ۱۹ را نشان داد که مشابه گونه هایی بود که توسط تلاش های توالی یابی بالینی شناسایی می شوند.
علاوه بر این، محققان توانستند وجود انواع خاصی از کووید- ۱۹ را شناسایی کنند که در سایر مناطق آمریکا یافت شده ولی هنوز به صورت محلی کشف نشده است. اکنون محققان امیدوارند که این روش جدید توالی یابی بتواند توسط مقامات بهداشتی این کشور برای ردیابی گسترش گونه هایی مانند- B.1.1.7 گونه مسری تری که در ماه های اخیر به سرعت در سراسر انگلیس گسترش یافته است، مورد استفاده قرار گیرد.
مشروح این مطالعه در مقاله ای در مجلهmBio منتشر شده است.